Tuija Hakkila aloitti ammattiopintonsa Sibelius-Akatemiassa Liisa Pohjolan ja Eero Heinosen johdolla, ja jatkoi Pariisin konservatoriossa Jacques Rouvier’n ja Theodor Paraschivescon johdolla.  Nykymusiikkiin hän syventyi Claude Helfferin johdolla Pariisissa ja klassisromanttiseen ohjelmistoon Malcolm Bilsonin kanssa Yhdysvalloissa. Tärkeiden opettajien joukkoon kuuluvat myös György Sebök, William Pleeth sekä Dmitri Bashkirov. Hakkila vietti lukuvuoden 1985–86 New Yorkin Columbia Universityssa Fulbright-stipendiaattina. Vuodesta 1987 lähtien Hakkila on toiminut pianonsoiton lehtorina Sibelius-Akatemiassa ja hän valmistui sieltä musiikin tohtoriksi vuonna 2005. Hakkila on opettanut myös Tanskan kuninkaallisessa konservatoriossa Kööpenhaminassa vuosina 2005–08. Vuodesta 2014 lähtien hän on toiminut Sibelius-Akatemian pianonsoiton professorina. 

Hakkila on toiminut Hämeenlinnan vanhan musiikin festivaalin, Sibelius- Akatemian konserttisarjojen, Espoon Kaiho-festivaalin sekä Nurmeksen Kesäakatemian ja Kesäkonserttien taiteellisena johtajana. Hän on esiintynyt solistina, kamarimuusikkona ja lied-pianistina ympäri Eurooppaa sekä Yhdysvalloissa, Japanissa, Indonesiassa, Afrikassa ja Etelä-Amerikassa sekä tehnyt äänityksiä useissa maissa. Hän on tehnyt yhteistyötä useiden merkittävien taiteilijoiden kuten Karita Mattilan, Vera Bethsin, Anner Bijlsman, Mikael Helasvuon, Sirkka-Liisa Kaakinen-Pilchin, Anssi Karttusen ja Alexei Lubimovin kanssa sekä esiintynyt konserteissa Okko Kamun, Jukka-Pekka Sarasten, Leif Segerstamin ja Sakari Oramon johdolla. Hänen ohjelmistossaan on teoksia 1600-luvulta nykypäivään – klassismin ja romantiikan ajan musiikin esittäminen myös periodi-instrumenteilla on hänen erityisalueensa.  Hakkila työskentelee tiiviisti monien nykysäveltäjien kanssa ja on kantaesittänyt runsaasti teoksia. 

Tuija Hakkilan soololevytyksien joukkoon kuuluu Mozartin sonaattien kokonaislevytys, joka sai erinomaisia arvioita kansainvälisessä lehdistössä, Dussekin sonaattien valikoima, Jean Sibeliuksen pianoteoksia, levyllinen 1900-luvun pianomusiikkia sekä ensilevytys 1800-luvun alun suomalaisten Lithanderin veljesten musiikista. Kesällä 2020 ilmestyi tupla-CD Haydnin sonaatteja. Lisäksi hän on levyttänyt Kaija Saariahon ja Niccoló Castiglionin kamarimusiikkia, Haydnin huilutrioja sekä Brahmsin ja Byströmin sonaatit viululle ja pianolle. Sello-piano-ohjelmistosta Hakkila on tallentanut mm. Gabriel Fauréta, 1900-luvun musiikkia, sekä kaikki Beethovenin teokset.